La prima sezione racconta i siti archeologici più rilevanti per il loro rapporto col mare, attraversando le fasi storiche più significative.

EPOCA FENICIA

Il villaggio nuragico di Sant’imbenia, sorto nel XIV sec. a.C., divenne sede di importanti traffici con il mondo orientale tra IX e VIII secolo. Si tratta del più antico scalo marittimo fenicio dell’isola.
Le rare ceramiche greche e fenice rinvenute in sito si possono ammirare nelle esposizioni assieme alla raffigurazione delle principali rotte marittime del tempo.
Le anfore e i lingotti di bronzo per la fusione sono invece esposti in vetrina così come furono rinvenuti durante gli scavi archeologici.

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EPOCA ROMANA

Nella ricostruzione in vetrina si ammirano i resti di un relitto di epoca imperiale rinvenuto nelle acque del Lazzaretto. Le anfore del carico che trasportavano pesce sotto sale si trovano esposte assieme ad altre ceramiche da mensa.
Si possono inoltre osservare strumenti e dotazioni di bordo, nonché parti lignee o metalliche della nave, tra cui la pompa di sentina in piombo.

EPOCA MEDIEVALE

La ricostruzione del fondale in vetrina espone lo straordinario carico del relitto di Capo Galera, del XIII secolo.
Costituito da anfore costolate e grandi giare islamiche a decorazione impressa, si può considerare unico in Sardegna e decisamente raro anche nella Penisola. 
Accanto alle merci del carico, si ammira una grande quantità di corallo, ceramiche e strumenti della dotazione di bordo. Un modellino dell’imbarcazione accompagna la visita.

I resti di altri due relitti del XVI secolo, provenienti dal mare antistante il campeggio Mariposa, rappresentano l’epoca post-medievale.
Anche in questo caso sono esposti elementi del carico e della dotazione di bordo, tra cui ceramiche rivestite, strumenti metallici e di osso, contenitori vegetali per la pece, cime ed armi, ma anche parti del fasciame di legno, anche con decorazioni.

La sezione mare si conclude con la nascita della città fortificata medievale: un plastico mostra lo sviluppo e le modifiche della cinta muraria fino al ‘700 e il suo rapporto con il mare.